Die jeweilige Behandlung der GPA und MPA beruht auf verschiedenen Faktoren wie Schweregrad der Erkrankung und betroffene Organe.

Im Allgemeinen zielt eine Behandlung zunächst darauf ab, die aktive Krankheit (Schub) mit einer medikamentösen Therapie zu begrenzen, die die Immunantwort des Körpers dämpft. Sobald die Krankheit unter Kontrolle ist, liegt das Ziel im Erhalt der Remission. In einigen Fällen kann eine GPA oder MPA ohne Medikation in Remission bleiben, in anderen können hingegen niedrigdosierte Medikamente nötig sein, um die Remission zu erhalten.

Eckpfeiler der GPA- und MPA-Behandlung sind die Kortikosteroide in Kombination mit anderen Medikamenten, die das Immunsystem unterdrücken und die Entzündung eindämmen.